Durante una tormenta un grupo de jinetes llega a la aldea Shimoda. Pasados unos días una joven de esta aldea, se acerca a una aldea vecina para avisarles que una terrible plaga mató a todos los habitantes de Shimoda. La joven muere, y desde las sombras alguien parece haberla estado controlando. A raíz de este hecho el ejercito cerrará el paso a la aldea y toda la gente será evacuada. Para el clan ninja de Koga no pasa desapercibido este hecho y salen a investigar, pero sufren una emboscada a cargo de unos poderosos y extraños demonios. La única superviviente es la mujer ninja Kagero, quien es capturada por Tessai, uno de los demonios, para violarla. La oportuna intervención de Jubei Kibagami la salva y luego de herir al poderoso Tessai lográn huir. Kagero regresa donde su señor e informa lo sucedido, mientras Jubei enrumba a la villa Kakio. En el camino es emboscado por Tessai pero en medio de la batalla éste muere, dejando impreso en el suelo el rostro de Jubei. Luego del incidente Jubei toma un baño y es abordado por Dakuan, quien le explica que acaba de asesinar a un Demonio de Kimon. Benisato, otra demonio, descubre el rostro de Jubei en el suelo, y logra encontrarlo mientras se aseaba. Con su poder aturde a Jubei que cae presa fácil pero un shyuriken de Dakuan lo hace reaccionar y doblegar a Beisato. Ésta logra huir mudando su piel como las serpientes. Sin embargo el shyuriken de Dakua estaba envenenado y este le ofrece la cura a cambio de su colaboración. Si no colabora muere.
Dakuan le cuenta que el Shogun de la Tinieblas desea apoderarse de más tierras e instaurar su reinado, y para eso usará el oro de una mina que debería ser entregado al shogun Tokugawa. Además, con premeditada malicia Dakuan le cuenta que el jefe de los demonios es el ninja Genma. Jubei no le cree, mientras piensa para sus adentros que eso no puede ser por que el mismo mató a Genma.
En su viaje, Jubei y Dakuan se separan, Dakuan es emboscado por Shijima y logra huir, mientras Jubei reinicia su lucha pendiente con Benisato. Esta vez la oportuna llegada de Kagero salva a Jubei, y ambos ven morir a Benisato por medio de un delgado hilo puesto alrededor de su cuello por el demonio Yurimaru. Esto da inicio a una extraña alianza entre Dakuan, Jubei y Kagero quienes deben descubrir el misterio de la presencia de los demonios y tambien deberán enfrentárseles. Los tres llegan a la villa abandonada y descubren que los demonios han envenenado a todos y luego han culpado a una epidemia. Entonces son atacados por las abejas asesinas de Mushizo. Kagero es obligada a lanzar petalos con polen adormecedor mientras Jubei va en busca de Mushizo. Debe darse prisa pues Kagero no podrá soportar mucho tiempo. Jubei hacer caer a Muchizo al agua y las abejas que lleva en su espalda le revientan el cuerpo. El joven samurai recuerda que los demonios llegaron el día de la tormenta, por lo que sube con Kagero a lo alto de uno de los cerros de los alrededores en busca de una buena vista. En ese momento Kagero ve a Hanza, muerto en la primera incursión de los ninjas de Koga, caminando hacia un precipicio y corre a ayudarlo, sólo para descubrir que es una trampa de Sakuro, otra de los demonios, que ha convertido el cuerpo de su amigo en una bomba andante. Kagero y Jubei saltan hacia el precipicio para evitar morir en la explosión y con mucho esfuerzo logran trepar de nuevo.
Al subir se encuentran con Mujuro Utsutsu, un demonio ciego y diestro con la espada, que reta a Jubei a duelo. Ambos van a un bosque de carrizos y se enfrentan, Mujuro hace verdadera gala en el uso de la espada y pone en aprietos a Jubei quien logra vencerlo sólo con la ayuda de Kagero. Luego ambos encuentran un barco encallado y descubren que su carga a sido trasladada a otro lugar, probablemente al puerto de Kashima. Al llegar encuentran los preparativos para el traslado y un barco de Shogun de las Tinieblas se acerca a puerto. La carga es el cargamento de oro tras el que estaba Dakuan. Al poco el viejo se les une y pronto se percatan que lo han seguido. Jubei logra cercenar la pierna del agresor y lo persigue, pero éste huye. En tanto, Kagero obliga a Dakuan que le diga cual es el antídoto del veneno que Jubei tiene en su cuerpo. Tras enterarse, cae prisionera de Shijima. Jubei va a rescatarla y logra matar al demonio en un hábil ataque, mientras peleaba con Kagero, que había sido poseída. Juntos y a salvo, Kagero le pide que la tome, pues eso contrarrestaría el veneno. Kagero es una ninja especializada en el uso de venenos y acostumbrada a tomarlos desde muy pequeña, toda su piel es venenosa por eso el veneno de su cuerpo serviría de antídoto para el que tiene Jubei.
Jubei, un honorable samurai, se niega a usarla, así eso represente su muerte y parte tras el barco. A punto de iniciar su ataque, llegan los soldados del Clan Moshizuki, liderados por Hyobu Sakaki jefe de la casa a la que pertenecen los ninjas Koga. Kagero se reporta, pero es herida por su señor que resulta haber sido suplantado por el mismo Genma. Jubei se enfrenta a los esbirros de Genma y luego se enfrenta a Yurimaru, quien cae víctima de la pólvora de Sakuro, en un ataque que tuvo más de ataques de celos que de accidente. Jubei encuentra a Kagero mal herida y la besa, ella le entrega su cinta y muere en paz. Este beso significó la salvación de Jubei. El samurai va tras el barco con el oro, mata a Sakuro y hace destrozos suficientes como para hundir el barco. Genma, que ha matado al enviado del Shogun de las Tinieblas, se da cuenta y va al cuarto del oro en busca de Jubei para matarlo.