Sobre la vasta soledad de un desierto, un solitario planeador se eleva en el viento. Montada en él, una jovencita de nombre Nausicaä explora el territorio. La suerte la acompaña, pues luego encuentra, en un extraño bosque, una gigantesca mole que es el caparacho vacío que ha dejado un ohmu. Rápidamente se acerca, y con mucho cuidado se las ingenia para retirar una de las hermosas cúpulas cristalinas que protegían los ojos del ohmu. Cargando con la cúpula, sale nuevamente a la superficie a tiempo de escuchar las detonaciones de un rifle de insectos. Es otro explorador, y pide ayuda. Sin dudarlo, Nausicaä dispara su propio rifle para que el viajero pueda orientarse y pocos segundos después lo vemos salir a toda prisa del bosque, a lomo de dos gigantescas aves corredoras. Tras él surge el Ohmu, en atronadora y furiosa carrera. La única forma de detenerlo es distrayéndolo con unas granadas de destellos, que Nausicaä se las arregla para dejar caer a su paso. El viajero resulta ser Yupa, un viejo amigo de Nausicaä, que había estado en un viaje de exploración. Con él trae un pequeño animalito, una ardilla zorro, que la joven decide conservar como mascota. Luego se dirigen al hogar de Nausicaä en el Valle del Viento. Allí, todos reciben con alegría a Yupa y también se complacen del hallazgo del caparacho de ohmu, que los artesanos del lugar podrán usar como materia prima. Esa noche, en la tertulia, mientras se discutía la preocupación de Yupa por el avance de la selva tóxica, se narra una vieja leyenda: "un día vendrá un príncipe en ropas azules, caminando en un campo dorado, a acabar con la selva tóxica y a limpiar el mundo". Poco después, en una noche de tormenta, una gigantesca nave de carga torumekiana, bajo el ataque de un enjambre de insectos, cae dentro del valle. Nausicaä se acerca rápidamente en su planeador y encuentra agonizando a Rastel, una joven que había estado cautiva en la nave. Con su último aliento, ésta le indica que la carga debe ser destruida. Bajo la amenaza de ser contaminados con las esporas de la selva tóxica, todo el terreno cercano al siniestro es quemado. Pero una extraña mole, aparentemente con vida, no es afectada. Al día siguiente, una flota de naves torumekianas irrumpe en el Valle del Viento, y sus tropas descienden para tomar la ciudad a sangre y fuego. El padre de Nausicaä, aunque enfermo en su lecho, es ejecutado sin piedad. Nausicaä da muerte a los asesinos antes de que Yupa pueda pararla y la comandante Kushana dé orden de detener la matanza. Torumekia ha enviado sus fuerzas con el objetivo de recuperar la misteriosa carga perdida, pero como es imposible de transportar, Kushana decide establecerse en el valle e incubar allí mismo a un gigantesco ser llamado el soldado divino. Este ser es uno de los que, según la vieja historia, asolaron la Tierra en los siete días de fuego. Con el fin de fortalecer la ocupación, Kushana se dirige a Pejite para reunir más tropas y deja al mando al ladino Kurotowa. Como despojo de guerra, confiscan un avión caza y toman de rehén a Nausicaä (y a algunos fieles súbditos), a quienes suben en los cargueros. Camino a Pejite, sin embargo, son atacados por un valeroso e increíblemente hábil piloto de combate, que en pocos minutos logra hacer pedazos la flota. Sólo es derribado cuando, en un fugaz acercamiento, ve a Nausicaä en una de las ventanas y vacila. Pero la nave está en llamas y pierde altura. A toda prisa, corren a las bodegas, donde liberan el avión caza, y cuando logran montar en él, son alcanzados por Kushana. Para su sorpresa, es invitada a salvarse junto con ellos. Pese a sus esfuerzos, el caza no puede evitar descender hasta la selva tóxica y cae en un exótico pantano. Una vez a salvo, Kushana trata de tomar el control de la situación, pero la aparición de un enjambre de ohmus permite a los "rehenes" dominarla. Como los insectos aún se encuentran agitados, Nausicaä saca el planeador de su compartimento en el caza y sale a investigar. Mientras el caza regresa al Valle del Viento con Kushana, los habitantes empiezan una rebelión contra las fuerzas de ocupación. El guerrero divino comienza entonces a dar señales de vida. En un rincón de la selva, Asbel, el piloto de Pejite, se defiende de los insectos, pero debe ser salvado por Nausicaä en el último instante. A bordo del planeador, escapan a duras penas de los furiosos insectos, pero caen en una poza de arenas movedizas y desaparecen en ella. De esta manera, logran atravesar la selva tóxica y llegar a un nivel subterráneo donde el aire no está contaminado. Descubren además que la "selva tóxica" en realidad está purificando el terreno de la contaminación dejada por las guerras de la humanidad. Tras recuperar el planeador, los dos jóvenes parten hacia Pejite, pero la encuentran en ruinas bajo el ataque de una estampida de ohmus enloquecidos. De regreso hacia el Valle del Viento, dan alcance a un bergantín de Pejite. Allí se enteran de que las últimas fuerzas del caído reino se han empeñado en impedir que Torumekia controle al soldado divino. Para eso no han encontrado mejor medio que provocar a los ohmus a que atropellen en estampida a sus enemigos, aunque con ello se destruya todo lo que quede en medio. Nausicaä se escandaliza de que manipulen así a la naturaleza y se ponga en peligro el valle, pero es sometida por los soldados de Pejite y nuevamente tomada como prisionera. A bordo del bergantín, Nausicaä es aislada en una celda, pero la madre de Rastel la ayuda a escapar y le entrega las ropas de su hija para que pueda engañar a los guardias. La única esperanza para los habitantes del Valle del Viento es que Nausicaä vuele a advertirles. Por desgracia, una corbeta torumekiana hace su aparición y de inmediato los ataca. Incapaces de huir de la ligera nave de guerra, son abordados por los soldados torumekianos con órdenes de aniquilar a todos a bordo. Nausicaä logra en el último momento salir volando con el planeador, y para su fortuna llega el caza del valle que venía en su búsqueda. Yupa se introduce entonces en el bergantín para evitar la masacre, y el caza da media vuelta para tratar de detener la estampida. En el Valle del Viento, la revuelta da oportunidad a los habitantes para refugiarse en los restos de una vieja nave espacial estrellada. En la confusión, Kushana se reúne con sus tropas. Mientras, el caza localiza una navecilla voladora que arrastra una cría de ohmu, capturada con el fin de exaltar a todo el rebaño. Nausicaä ordena a los tripulantes que vuelen a prevenir a la gente del valle, mientras ella trata de salvar al ohmu. Bajo las ráfagas de ametralladora, Nausicaä se lanza al abordaje de la navecilla de Pejite y logra derribarla. El pequeño ohmu está muy malherido, pues lo han colgado con arpones y en su terror se lanza al lago ácido cercano. Nausicaä intenta detenerlo, y sólo el dolor de sus propias heridas lo logra calmar. Luego obliga a los soldados de Pejite a levantar al ohmu en un arnés de cuerdas y llevarlos a detener la estampida que habían provocado. Con este fin, descienden delante de la furiosa manada de ohmus, pero la estampida no se detiene, y tanto Nausicaä como la criatura son atropellados. En el valle, el caza llega a tiempo para detener el asalto a la nave espacial y advertir de la estampida sobre ambos bandos. Todos corren al terreno más alto, mientras las tropas de Torumekia se preparan para resistir el embate de los insectos. Kushana no se intimida, pues confía en su arma secreta. El soldado divino se levanta tembloroso, y a órdenes de ella lanza un poderosísimo rayo de energía que hace arder en llamas el horizonte. Pero la estampida no se detiene. Activado prematuramente, el soldado divino se deshace lentamente, pero tiene tiempo de lanzar un rayo más antes de colapsar pesadamente. Las hordas de ohmus llegan entonces hasta las defensas torumekianas y las arrasan en segundos. Tras la destrucción, la calma llega poco a poco, y mientras el viento sopla suavemente, los sobrevivientes son testigos de una escena fantástica. El cuerpo de Nausicaä es levantado suavemente por los miles de tentáculos de los ohmus, y con un suave brillo dorado obran milagrosamente la curación de sus heridas. Para maravilla de todos, la ropa de Nausicaä estaba teñida de azul con la sangre del pequeño ohmu, y cuando ella se levanta completamente curada, se dan cuenta de que la profecía se ha cumplido ante sus ojos.