La nave Macross ha partido hace cinco meses de la Tierra. Su viaje ha sido accidentado, pues se han topado con los Zentraedis, con quienes han trabado algunas escaramuzas. Tras orbitar Titán, inician su viaje de regreso a la Tierra. Mas entonces un nuevo ataque se inicia, en el cual los pilotos de los Valkiries se enfrentan a los Batlepods enemigos. Algunos de los atacantes logran ingresar a la fortaleza, donde con horror ven cómo hombres y mujeres conviven.
Para detener el ataque, el piloto Hikaru Ichijo ingresa a la Macross, donde rescata a la cantante Lin Min Mei. No obstante, ambos terminan perdidos dentro de las profundidades de la gran nave, hasta que luego de tres días son rescatados en circunstancias comprometedoras.
Poco tiempo después, Min Mei llama a Hikaru, con quien comienza a entablar una relación. Hikaru lleva a pasear a Min Mei en su avión por los anillos de Saturno, pero los Zentraedis lanzan una operación de captura. Mas la Mayor Misa Hayase, que en compañía del hermano de Min Mei ha seguido a la pareja, se lanza al rescate junto al escuadrón de combate del comandante Roy Fokker. No obstante, tras el enfrentamiento, Hikaru, Misa, Roy, Min Mei y su hermano son capturados e interrogados. Durante el traslado de los prisioneros, la guerrera meltrandi Miriya Farina se introduce en la nave zentraedi, la cual ataca. Esta ocasión es aprovechada por los humanos. Gracias al heroico y penoso sacrificio de Roy, Hikaru y Misa consiguen escapar; mientras que Min Mei y su hermano son llevados ante el líder de esa flota zentraedi, Gorg Bodolza.
Hikaru y Misa llegan al planeta Tierra, en la cual descubren la terrible realidad: ha sido totalmente devastada. Durante una semana la recorren buscando sobrevivientes, pero no encuentran nada, salvo una misteriosa ciudad que ha emergido del mar en respuesta a la presencia zentraedi. En dicha ciudad, Misa logra determinar que hace tiempo una civilización llamada "Protocultura" inició una guerra interna entre hombres y mujeres, la cual en un intento desesperado implantó humanos en la Tierra.
Mientras tanto, cuando Min Mei y su hermano son interrogados, el líder zentraedi recuerda un poco sobre la Protocultura y les entrega un objeto para que lo descifren. Por su parte, el tiempo juntos ha hecho que Hikaru y Misa inicien una relación, hasta que la Macross llega a la Tierra y los rescata. Sin embargo, una nave de las Meltrandis llega y lanza un ataque contra la Macross. Hikaru, ahora líder del escuadrón Skull, en reemplazo de Fokker, lidera la respuesta terrestre. Lamentablemente en la lucha muere el piloto Kakizaki; mientras que Max Sterling se enfrenta a Miriya, a la cual mata. Mas al verla personalmente, sólo atina a decirle hermosa.
La Macross ha sido seriamente dañada. Sólo la llegada de los Zentraedis entonando una melodía sin letra, logra hacer que las Meltrandis se retiren. Los Zentraedis ofrecen negociaciones de paz a los humanos, tras lo cual las investigaciones indican que ambas razas poseen el mismo origen. Misa logra traducir un disco que encontró en la ciudad, traducción que resulta ser nada más y nada menos que la letra de la melodía que entonaba Min Mei cuando llegó con los Zentraedis.
A pesar de saber que Hikaru y Misa han iniciado una relación, Min Mei busca a Hikaru. Mas entonces llega Misa, con quien al final decide quedarse Hikaru. Un nuevo ataque se inicia. Al no contar con la canción completa, Bodolza ordena la destrucción de las Meltrandis y la Macross. Hikaru, que conoce la importancia de la canción para lograr la victoria, logra convencer a Min Mei de que use la letra para cantarla. Entonces Min Mei canta "ai oboete imasuka" (¿Recuerdas el amor?). Brittai 7018, líder de un escuadrón de naves Zentraedi se les une, con lo cual montan un contraataque que logra llegar hasta el centro de mando de Bodolza.