Una invitación del arquitecto Teiyi Moriya lleva a Conan, Ran y el detective Kogoro a una reunión en su casa. Ran, quien aceptó ir a cambio de una cita al cine con Shinichi Kudou (Conan), conversa amenamente con el arquitecto, el cual les muestra las fotos de sus principales obras en la ciudad. Conan, quien fue el que recibió la invitación (que iba dirigida a Shinichi), escucha cuando Ran al despedirse del arquitecto, le cuenta de la cita que tiene con Shinichi esa noche en el edificio Beika y de la chompa roja (su color favorito) que le comprara por ser mañana su cumpleaños. Al llegar a la casa del profesor Agasa, empiezan los problemas para Shinichi, un sujeto amenaza a Conan por teléfono al decirle que ha colocado una bomba en un parque cercano. Conan actúa rápidamente y logra evitar que la bomba (que estaba en un avión de juguete), dañe a sus amigos. Inmediatamente después recibe otra amenaza, esta vez, la bomba se encuentra a un lado de la estación Beika. Al limite de tiempo y ayudado porque extrañamente se detuvo el reloj unos segundos, Conan logra alejar el peligro no sin salir dañado por la explosión. En el hospital, Conan empieza a reunir datos. En primer lugar el Inspector Meguro le dice que todas las bombas eran plásticas, el mismo material robado hace poco y usado en un reciente incendio, por lo que deducen que el autor de los atentados es el mismo. Además, recuerdan que Shinichi al resolver un caso hace algún tiempo, hizo que el alcalde renunciara a su cargo y dejara un proyecto de reconstrucción de la ciudad en foja cero por lo que piensan que se puede tratar de alguna venganza. Por ultimo, su pequeña amiga Ayumi, le cuenta que el hombre que le regaló el avión tenia un olor dulzón. Mientras piensan de quien se puede tratar, reciben otra amenaza. Esta vez el sujeto ha colocado 5 bombas en la línea de trenes Kanyo de Tokio, las cuales se activarán a las 4 pm, explotando si alguno de los trenes rebaja los 60 Km/h y, sin falta, al atardecer. Actúan rápidamente y logran mantener todos los trenes a esa velocidad, pero los pasajeros se impacientan y quieren saber porque no se detienen los trenes. Afortunadamente, por un comentario del profesor Agata, Conan logra descubrir que las bombas están en los rieles de los trenes y se activan cada vez que los trenes de 200m cada uno, pasan sobre ellas, puesto que si pasan mas de 12 segundos a la sombra, estas explotaran. De ahí que no podían bajar de los 60 Km/h. Basta entonces con desviar los trenes a una zona que no sea la línea Kanyo. Así lo hacen y antes del atardecer encuentran y desactivan todas las bombas. Mas tarde, por un reportaje de televisivo, Conan se da cuenta que todas las bombas fueron puestas en lugares cercanos a las edificaciones del arquitecto Moriya, por lo que deciden ir a interrogarlo. En casa del arquitecto, mientras este esta siendo interrogado por el inspector Shiratori, Conan se da cuenta de un olor dulzón en el arquitecto y sospecha de él. Va a la habitación de las fotos y al ver una maqueta de un proyecto para la nueva ciudad de Nishita, induce que Moriya fue el autor de todos lo atentados para poder reconstruir la ciudad con un estilo arquitectónico maduro y a la vez vengarse de Shinichi, pues él truncó su deseo de reconstruir la ciudad. Entonces, hábilmente lo desenmascara ante los inspectores quienes lo arrestan. Pero no todo ha terminado, Moriya ha puesto los restantes explosivos en su ultima edificación, el edificio Beika. Conan recuerda que Ran le comento a Moriya que iba a reunirse a ver la película Atados por un hilo Rojo en ese sitio, pero es muy tarde para avisarle. Una de las bombas ha explotado, dejando atrapada a Ran en el interior. Antes de ir a rescatarla, Conan le quita los planos de la bomba a Moriya quien le dice que le comunique a Shinichi que le ha preparado 3 minutos para celebrar. Llega al edificio semidestruido, pero una puerta atascada lo separa de Ran. Entonces le pide que busque si hay alguna bomba, la que Ran encuentra rápidamente. La bomba explotará a las 12 y 3 minuto de la noche por lo que Conan le dice a Ran que tendrá que desactivarla. Proceden con ayuda del plano, pero al llegar último cable, se detienen al encontrar un cable rojo y otro azul que no están en el plano. Conan, resignado, le pide a Ran que escoja el que más le guste. Antes de hacerlo, Ran a manera de despedida, le desea feliz cumpleaños y él le confiesa sus sentimientos hacia ella. Un derrumbe los obliga a retirarse de la puerta que los separa justo cuando los rescatistas llegan. Un comentario le ayuda a deducir que el arquitecto se refería a su cumpleaños. Como sabía cuál era su color favorito, de seguro, con el cordón rojo, la bomba explotará. Quiere avisarle esto a Ran, pero ya no la escucha. Ella, pensando en su color favorito corta uno de los cables y detiene la bomba. Ya a salvo Conan le pregunta porque escogió el cable azul a lo que ella responde: "si hubiera escogido el rojo seria como si cortara el hilo rojo que nos une a Shinichi y a mí, como en la película que íbamos a ver...".