Jyou Murakami sale de la cárcel de Beika tras finalizar su condena, y en una libreta se ve la dirección de Kogoro Mouri. Por otro lado, Ran conoce a Minoru Nishima, ensayista y gourmet cuya obra admira. En el camino también se topa con Nana Osanai, una bella modelo e irresponsable conductora. Al hablar con su amiga Sonoko Suzuki de la próxima reunión con su madre, Ran recuerda cuando ella tenía 10 años y sus padres se separaron por incompatibilidad de caracteres.
En un restaurante francés se encuentran con Eri, quien los esperaba desde hace tiempo. Aparece de pronto Hiroki Tsuji, productor y compañero de golf de Mouri. Éste los invita cordialmente a un paseo en helicóptero, que Mouri rechaza por su fobia a la altura. Kohei Sawaki, sommelier, sirve el vino con la destreza que su profesión le exige, y la melancolía se apodera de Eri y Kogoro. El momento es interrumpido abruptamente por este último al reconocer en la calle a Tsukino Towako (del club de anfitrionas) acompañada de Peter Ford, un moderador de la TV. Al sentirse ofendida, Eri se retira sin más.
Al final de la semana, el inspector Megure es víctima de un atentado. Del mismo modo, Eri es envenenada en su oficina al ingerir sus chocolates favoritos, los cuales creía eran un regalo de su esposo. El profesor Agasa también es atacado con la misma arma, una ballesta tipo pistola, y aunque esta vez el asesino se dejó ver, escapó de las manos de Conan. Los tres ataques fueron fallidos. Al parecer, todas las víctimas tienen en sus nombres un kanji de significado numérico (13, 12 y 11 respectivamente) y además una determinada relación con Mouri. El inspector, algo recuperado, da un nombre, Jyou Murakami, un criminal asociado a una banda de contrabandistas de tabaco y cartas, que fue capturado en circunstancias poco comunes por Kogoro. Ante esta pista, Kogoro deduce que la próxima víctima podría ser Tsukino Towako (uno de los kanjis de su nombre es 10). Tras proceder a su vigilancia, Ran pregunta sobre las circunstancias que se habían mencionado. Ante su insistencia, Shiratori le cuenta que, al ser capturado, Jyou aprovechó un descuido y tomó como rehén a su madre; Kogoro, seguro de sus habilidades, le disparó, pero con tan mala suerte que le dio a ella. Después de esto, Kogoro renunció a la policía.
Conan barrunta que Hiroki Tsuji podría ser el verdadero objetivo, por lo que el inspector y Kogoro (por sobre su negativa) lo acompañan en su viaje en helicóptero. En pleno vuelo, Tsuji sufre un percance en la visión que obliga a Conan, subido de polizón, a realizar un aterrizaje forzoso. Un colirio adulterado fue el causante de todo. Al no encontrar a la siguiente víctima, saltan hasta Sawaki (8). Éste les hace mención de Katsuyoshi Asahi (9), de modo que se dirigen a su complejo “Aqua Crystal” junto con Sawaki, quien tenía una reunión con él. En el complejo se encuentran con más invitados de Asahi, y Conan hace notar que ellos también pueden estar en la lista: el fotógrafo Eimei Shishido (6), Nana Osanai (7), Minoru Nishima (2) y Peter Ford (4). Aunque no esté presente, a Ran se le ocurre que Shinichi puede ser el 1.
Una vez en el restarurante, Nana prueba que Nishima es un fraude como gourmet, al confundirse en la degustación de un vino, y ello lo enfurece. Sawaki casi es herido en una trampa para tontos y ello motiva la retirada del grupo. Pero antes de notar que han sido atrapados en el restaurante submarino, encuentran al supuesto anfitrión flotando con una carta del # 9. Nana comenta que lo más saltante que le ocurrió fue un accidente en que chocó a un motociclista mucho antes de la salida de Jyou. En ese momento, se apagan las luces y en la oscuridad Nana es asesinada por la espalda. Una secuencia de explosiones hace que se inunde el complejo, y Ran es salvada de morir por el arrojado Conan.
Después de salir a flote al exterior, la intención de Sawaki de prestar auxilio a un ahogado Nishima otorga a Conan el último eslabón del caso. Inutiliza a Kogoro y con su voz hace mención de que el asesino no es Jyou, pues éste era zurdo, y que el culpable es un diestro. Además, las verdaderas víctimas eran Nana, Asahi y Tsuji, los demás eran sólo señuelos. Descarta las sospechas contra Nishima, ya que él podría haber muerto ahogado al no saber nadar o al ser auxiliado por su propio asesino. Sawaki es entonces descubierto, pues el daño a su paladar había motivado el crimen. Pero fue el corcho encontrado en su bolsillo, el mismo que tenía Nana en las manos antes de morir, la prueba contundente. Sawaki cuenta que él era un motociclista que chocó Nana, y el daño a su cabeza provocó la pérdida del gusto (y por lo tanto truncó su carrera). Mató a Murakami para usarlo de chivo expiatorio. Culpó además a Nishima de copiar otros libros para ganar fama, y atacó a Tsuji por causarle el stress que acrecentó su mal (al humillarlo en una fiesta). Acto seguido, activa una cuarta bomba que provoca daños en los cimientos, y en la confusión toma a Ran como rehén y huye a la torre, en donde un helicóptero espera. Se encuentran entonces en una situación similar a la de hace 10 años. Viendo que dejarlo escapar aseguraba la muerte de Ran, Conan dispara contra ella y le roza la pierna. Desconcertado, Sawaki es reducido por Kogoro. Entonces Ran, al igual que Conan, se dan cuenta de por qué Kogoro disparó contra Eri hace años: un rehén herido es una carga súbita para el raptor. Kogoro no quiso darle al raptor, sino proteger a su mujer y evitar el rapto, sacándola del juego.
Fiel al estilo de la serie de televisión, la secuencia de créditos no es lo último de la película. Precisamente después de ella, viene una escena donde vemos que Kogoro y Eri se separaron realmente porque la noche del crimen, él despreció la comida de ella (reconciliación imposible, como dice Conan).