Ocurren 5 asesinatos en las ciudades de Tokio, Osaka y Kyoto. La relación es que el asesino se lleva un libro titulado "Estados Financieros Falsos" y un extraño dibujo de una escalera con unos gráficos en medio. Una vez que la policía inicia las investigaciones, determina que las víctimas son miembros de la banda Genjibotaru, quedando otros 3 de los cuales no hay información.
Heiji Hattori, quien conoce el secreto de Conan, escucha del caso y junto con su amiga Kazuha Toyama va a Kyoto. Por su parte, el profesor Agasa lleva al grupo de pequeños detectives, incluida Ai Aibara. Al detective Kogoro Mouri lo llaman a Kyoto para investigar un robo, por lo que aprovecha para llevar a Conan, Ran y Sonoko. Al llegar, son recibidos por los monjes Enkai, Ryuuen y los señores Shouzoh Sakura, Shuntaro Mizuo y Taiga Saijou, quienes les explican que hace 8 años se robaron la imagen principal del templo y va a haber una muestra en tres días. Además, hace 5 días han recibido una nota en donde les dan una copia del mismo dibujo que había en los libros robados y les explican que es la clave para recuperar la imagen robada.
Mientras tanto, Heiji recupera las cosas de Tae Yamakura y Suzu Chika, quienes fueron víctimas de un robo. Conan y Heiji se reúnen y comparten ideas. Al no conocer Kyoto, Heiji le hace un tour a Conan en busca de pistas. Heiji le cuenta a Conan que cuando era niño, fue a un templo y vio a una bella niña. Cuando trató de alcanzarla, esta simplemente desapareció, dejando un bola de vidrio. Luego llegan a Kurama-dera, donde un arquero le lanza una flecha a Heiji. Mas Conan lo salva, persiguiendo al agresor en motocicleta. Lamentablemente, el criminal resulta muy bueno y logra escapar.
Por la noche Kogoro, Ryuuen, Shouzoh, Shuntaro y Taiga van a la casa de té de Tae. Al rato se les unen Ran, Sonoko, Kazuha, Conan y Heiji. Más tarde, Shouzoh, quien resulta ser miembro de Genjibotaru, se va a descansar un rato. Mas cuando Tae va a despertarlo, lo encuentra asesinado. Conan le quita las llaves de la tienda que tenía el cadáver antes que llegue la policía, luego ambos van a investigar. Heiji y Kazuha van en moto, siendo Heiji vícitma de otro atentado. Sin embargo, esta vez sí logra encarar al atacante, pero es herido por este. Entonces Kazuha lo ayuda, haciendo que el atacante se vaya. Heiji y Conan sospechan de Ryuuen, Shuntaro y Taiga, así que van a interrogarlos, mas sin mucho éxito. También sospechan de Suzu.
En tanto, Kazuha recuerda que cuando salvó a Heiji, lanzó una piedra contra el atacante y le rompió la máscara. Pero cuando va a buscarla, es secuestrada. Kogoro desarrolla una tesis en que acusa al inspector Ayano y a Suzu, pero resulta muy débil. Por su parte, Conan y Heiji descubren la relación entre una antigua canción de Kyoto y el dibujo de la pista, determinando que Bakkouji es el lugar donde se esconde el buda robado. Además, Conan descubre que los de la banda de Genjibotaru han robado el buda y que la bola de vidrio que tiene Heiji no es más que la bola que llevan los Budas en la frente. Entonces se proponen descubrir dónde escondió el Buda su jefe y recuperar la bola de vidrio.
En eso reciben la llamada de los secuestradores y citan a Heiji en Bakkouji. Lamentablemente este no se ha recuperado del atentado. Entonces Conan le pide a Ai el antídoto contra la droga que lo redujo, para hacerse pasar por Heiji. Conan encara a Taiga y los secuestradores. Pero cuando intenta enfrentarlos, sufre los dolores, pues su cura es temporal. Mas Heiji llega a ayudarlos, permitiendo que Conan se escape perseguido por los secuaces de Taiga. En el bosque, Conan se encuentra con Ran. Una vez a salvo la duerme, pues no puede ver que se transforma en niño. Taiga demuestra su destreza con la espada hasta que se rompe y se parapeta en un almacén junto a Kazuha. Entonces ella recuerda que los secuestradores hablaron de una espada escondida en ese lugar, logrando encontrarla. Heiji y Kazuha se abren paso, pero son rodeados. En ese instante llega Conan y comienza la lucha.