Al regreso de un campamento el profesor lleva a Conan y a los jóvenes detectives, incluida Ai, a las famosas torres gemelas de Nishitama, cerca del monte Fuji. Las coincidencias de la vida los llevan a encontrarse con Kogoro, Ran y su amiga Sonoko. Kogoro se disponía a ver a una ex compañera de estudios, Mio Tokiwa, presidenta y dueña de ese complejo. Las torres son una sede de la empresa Tokiwa, la cual se dedica al software. Chinami Sawaguchi, secretaria del director ejecutivo, los lleva a un recorrido por las instalaciones. En el camino conocen a Yoshiaki Hara, vicepresidente ejecutivo y programador. Ya en el salón de banquetes Kogoro se encuentra con Mio, confirmándole su asistencia a la reunion por la inauguración. Además Mio les presenta al pintor Hosui Kisaragi, a Ooki Iwamatsu, consejal de la ciudad, que dicho sea de paso, ayudó a acelerar los permisos del complejo y a Hidehiko Kazama, arquitecto del mismo. Este último admite ser alumno de Teji Moriya (ver resumen de "El reloj del rascacielos". Primera película de Conan). Esta fría sinceridad alerta sobremanera a Conan y a Kogoro por obvias razones. El comentario de dos empleados acerca de un fabuloso Porsche 356, llama la atención de Conan, ya que Gin, miembro de los hombres de negro, posee uno. En vano corre al parqueo, pues éste ya se ha ido. Al día siguiente se enteran de que el consejal Iwamatsu ha sido asesinado en la torre de huéspedes. El primer sospechoso es la misma presidenta, pues su habitación está justo arriba de la habitación. Los jóvenes detectives empiezan su propia investigación. Primero, encabezados por Conan obviamente, visitan a Hidehiko Kazama, quien los recibe con cortesía. No consiguen mucha información de él. Luego van a la casa de Hosui Kisaragi. Éste, más serio que el anterior, les recrimina el ser muy jóvenes para meterse en esos menesteres y los regresa a su casa. Los chicos terminan sin nada por ese día. Al siguiente día, tercos hasta el final, van a visitar a Yoshiaki Hara. Él les había prometido jugar con ellos algunos juegos de video que estaba creando. Los pequeños lo encuentran muerto por un aparente disparo en el pecho. En las pesquisas la policía encuentra lo que parece ser un vaso de sake como en el caso del consejal. Conan sospecha un relación con Gin y Vodka por lo del licor. Ai le dice que descarte esa teoría, por que ellos no son de colocar firmas en sus víctimas. Una de las cosas más sospechosas fue encontrar el disco duro de su computadora borrado. Hablando de ellos, Gin y Vodka, revisan la habitación de Akemi Miyano, hermana de Ai, en busca de esta última. Escuchan en la contestadora la voz de Ai y pacientemente esperan a que vuelva a llamar. Ai, quien a estado llamando al teléfono de su hermana muerta hace algún tiempo, despertó las sospechas de Conan, quien desconecta el teléfono mientras esta dejaba un mensaje dirigido a su hermana. Ai sabia que ese melancólico accionar le podía costar la vida, pero aun así, lo hacia para escuchar la voz de su hermana otra vez. Gin y Vodka aprovechan esto y así se enteran donde estará Ai. En la noche del banquete Mouri gana un Mustang rojo, el auto de sus sueños. Mio pide la atención del público para presentar la nueva pintura del Fuji, obra de Hosui Kisaragi. Las luces se apagan y al abrirse el telón, la imagen de la presidenta colgada partiendo en dos el gigantesco cuadro, quita el aliento de todos los invitados. El cadáver es bajado y la razón de la muerte aclarado. Mientras el cuadro era bajado por la maquinaria, una cuerda de piano unida a sus perlas era elevado. Kogoro como siempre aporta su opinión del caso y como siempre se equivoca de culpable. Conan en un rápido análisis descubre quien es el asesino, pero una fuerte explosión no le da tiempo de actuar. Este atentado provoca la evacuación inmediata de las personas. Su única opción es pasar a la segunda torre a través de los dos puentes que los unen. Mientras Ran, Sonoko y Conan bajaban por un elevador, Gin, de francotirador, apuntaba a Sonoko, a quien confundió con Ai por su peinado. Gracias a un acertado comentario, Conan la salva del disparo. Gin tarde, se da cuenta de su error. El criminal acciona las otras bombas implantadas en ambos puentes para evitar más errores. Los jóvenes detectives quedan a atrapados en la torre en llamas, junto con Conan y Ran. Aunque estos dos se las ingeniaron para escapar, Conan regresa a la torre a rescatar a sus amigos. Mientras se dirigen al techo Conan y Ai se topan en la escena del crimen con el asesino, frente al cuadro que el mismo le regalo, Hosui Kisaragi. El móvil, la construcción del las torres. Hosui Kisaragi estaba enamorado del Fuji a quien plasmaba en sus diferentes facetas. Pero la construcción de las torres partió a la mitad su visión del mismo coloso, matando para siempre su inspiración. Conan se da cuenta de que él no mató al vicepresidente ya que ese vaso, representación del Fuji partido por la mitad, lo colocaba post-mortem. Hara ya estaba muerto cuando él llegó. Al parecer el vicepresidente tenia alguna relación con los hombres de negro y al igual que Ai, los traicionó. De allí el motivo de matarlo y el volar el edificio junto con su computadora laboral y con Ai. Así mataban dos pájaros de una pedrada. Conan evita el suicidio del pintor sedándolo. No conforme Gin vuela el techo, lo que los obliga a regresar. La única opción es pasar a la otra torre. Así que, impulsados por el rápido Mustang, aprovechando de paso la explosión de ese piso, caen a la piscina de la segunda torre. El peligro pasa y sólo se escuchan las lagrimas de Kogoro por su nuevo auto.