El niño Hiroki Sawada, de sólo 10 años, ha desarrollado un programa de búsqueda de ADN. Su próximo proyecto es el de un cerebro artificial llamado Arca de Noé, bajo el padrinasgo de su padre adoptivo, Thomas Schindler, presidente de la compañía Schindler. Luego de hacer correr su programa, Hiroki se suicida. Dos años después, en el City Hall de Beika, una empresa japonesa que produce videojuegos, se realiza el lanzamiento del juego de realidad virtual Capullo, desarrollado junto a Schindler Co. Para jugar, se debe ingresar a un capullo donde se es hipnotizado y se ingresa a un mundo de realidad virtual.
Conan y compañía han sido invitados para el lanzamiento, mas no forman parte del selecto grupo de 50 niños de familias influyentes que probarán el juego, quienes usan un broche que los distingue. Ran se encuentra con Sonoko, que tiene un broche que se lo pasa a Ran. De pronto aparecen los engreídos Seiichiro Kikugawa, Hideki Moroboshi, Akira Emori y Shinya Takisawa, quienes se muestran despectivos con su presencia y perturban al resto de invitados, hasta que los detiene Taddaki Kashimura, creador del Capullo. Yusaku Kudo, padre de Conan y quien ha participado en el desarrollo de la escenografia, llega a la reunion y envia a Conan un broche de jugador.
Durante la presentacion del juego, apagan las luces y Thomas va en busca de Taddaki, a quien pide el programa buscador desarrollado por Hiroki. Ante la negativa, Thomas lo acuchilla. Al saber del crimen, llega el inspector Megure y su gente. Mientras tanto, los amigos de Conan han conseguido broches para poder jugar.
Conan se une al grupo que investiga el asesinato, notando que Hiroki alcanzó a escribir JTR -Jack the Ripper (Jack el Destripador) - antes de morir. Ante ello, participa en el juego en busca de pruebas.
El juego inicia y de pronto el programa Arca de Noé toma el control. Este anuncia que si ningún participante gana, los 50 jugadores morirán. Los jugadores pueden elegir entre Era de los Vikingos, el rally Paris-Dakar, el Coliseo Romano, el Tesoro de Salomón y Londres del siglo XIX. Conan, Ran, Ai, Genta, Mitsuhiki y Ayumi, Seiichiro, Hideki, Akira y Shinya toman el camino de Londres. El profesor Agatha trata de ayudarlos, pero el Arca de Noé interviene y corta la comunicación.
Conan tiene un primer encuentro con Jack, mas al no poder usar los inventos del profesor Agatha, este logra huir. Entonces deciden ir a buscar a Sherlock Homes. En el camino, un vagabundo les advierte que deberán bañarse en sangre. El grupo llega a Backer 221, residencia de Homes y Watson. Conan revisa los documentos y va en busca de la contra parte de Holmes, el profesor Moriarty. Decide ir al bar Trump y tras un enfrentamiento con sus esbirros, el profesor les advierte que Jack intentará asesinar al día siguiente. En retribución, Conan advierte del peligro que correra en Reichenbach. Al día siguiente cantará Irene Adler, cantante favorita de Holmes. Durante la ópera, estalla un bomba, pero logran salvar a Irene. Tras las disputas sólo quedan Conan, Ran y Hideki, quienes persiguen a Jack hasta la estación Charing Cross, y suben al tren cargado de pasajeros y vino tinto.
Conan reúne a todos los pasajeros, y deduce por las notas de Holmes que Jack tiene un dedo muy delgado. Descubierto, captura a Ran y sube al techo. En tanto, Yusaku investiga la muerte de Hiroki. Tras revisar los videos de vigilancia, determina que Thomas es el asesino. Entonces este revela que todo se inició cuando Hiroki se enteró que Thomas era descendiente de Jack. En el tren, Conan y Hideki enfrentan a Jack, quien se ha atado a Ran. Ante esta situación, Conan sólo elude a Jack. Ran se da cuenta y decide lanzarse, llevándose a Jack con ella. Ahora el tren va a 100 km/h, no tiene frenos, no pueden desengachar los vagones y están a menos de 10 min de llegar a la estación. Conan y Hideki deberán salvarse no sólo por ellos, sino por los otros 48 jugadores.