Conan y todo el grupo es invitado por Sonoko al viaje inaugural del barco Aphrodite, último lanzamiento de la Coorporación Yashiro. A la hora de la cena, el profesor Aghata le regala un nuevo invento a Conan. Se trata de unos gemelos con micrófonos. Luego se les presenta el guionista Hironari Kusaka y la
diseñadora del barco, Minako Akiyoshi. Al salón también llega el presidente del Grupo Yashiro, Entarou Yashiro, y su hija, Takae Yashiro. Al ver a Takae, Sonoko recuerda que su esposo, Hideto, murió en un accidente automovilístico no hace mucho. A Entarou se le presenta Wataru Kaidoh, capitán del Aprhodite y antiguo primer oficial del Daichiyashiromaru, un barco que naufragó hace 15
años.
Durante la cena proponen un brindis, lo que Sonoko aprovecha para felicitar públicamente a Ran, ya que ha ganado un campeonato nacional de karate. Hironari se excusa y se retira, momento que aprovecha para dejar un micrófono en la habitación de Entarou.
A la mañana siguiente, Genta, Mitsuhiko y Ayumi dejan en la casaca de Ran una pulsera que hicieron para celebrar que haya ganado el campeonato. Entarou recibe una nota en su habitación, la cual dice que conocen el secreto de hace quince años y que debe bajar a una cabina. Por otro lado, Ran propone jugar a las escondidas. Hironari va a la habitación de Entarou para asesinar a Takae, mientras Entarou baja a su cita. En el transcurso del juego, Sonoko es golpeada por alguien.
Hironari resulta ser quien le dejó la nota a Entarou, entonces, con el grito de vengar a su padre, lucha con éste y termina lanzándolo al mar. Sonoko logra comunicarse por un transmisor, siendo encontrada en la morge del barco.
Mohri y Conan encuentran el lugar donde atacaron a Sonoko, recogiendo del suelo el abanico de Entarou.
Conocidas la muerte de Takae y la desaparición de Entarou, llega el inspector Megure y su grupo. Tras las investigaciones, las pistas indican a Hironari, pero éste tiene la cuartada de haber estado conversando por teléfono con Minako.Entonces Conan decide investigar, descubriendo que la conversación de Hironari estuvo trucada. Por su parte, los guardacostas encuentran el cuerpo de Entarou en el mar. Mientras tanto, la policía investiga la muerte de Hideto, descubriendo que posiblemente se usó una granada aturdidora para ocasionar su accidente. Durante la fiesta de la noche, Mohri culpa a Minako, pero su teoría se cae. Conan retruca y descubre a Hironari como el asesino. Éste, al verse descubierto, atribuye su acción a que es hijo de un tripulante del Daichiyashiromaru, el cual fue hundido adedre. Entonces hace explotar bombas en el interior del barco y huye. Al ver esto, Conan y los pequeños detectives van tras él. Se inicia una persecución en bote, en medio de la cual, tras una hábil jugada, Conan logra adormecer a Hironari. En el Aphrodite, los pasajeros y tripulantes inician la evacuación, pero Kogoro decide quedarse un poco más en el barco.
En eso, Ran recuerda que el presente de los niños se quedó en el escondite, así que va por él. Pero se golpea, y cae desmayada. Conan se percata que hay cosas que no encajan, por lo que regresa al barco. En el puente del barco, Minako encara a Wataru por la muerte de su padre, Okita, el capitán del Daichiyashiromaru, apuntándolo con un arma. De pronto aparace Kogoro, quien ha descifrado el enigma. Tras una dura batalla, logra vencer a Minako. Por suerte hay un último bote, pero, antes de subir, Conan se da cuenta que Ran no ha salido del barco. Entonces él y Kogoro deberán encontrarla a ella, así como un medio de salida antes de que el barco se termine de hundir.