Evangelion - Magokoro wo Kimi ni
Shinji, tripulando al Eva 01, llega a donde Asuka libró su último combate y observa al despedazado e inerte Eva-02. Sorpresivamente, los Evas de Seele no atacan al Eva 01, sino que lo inmovilizan. En ese momento, Lorenz Keel revela sus verdaderos deseos, ejecutar el Programa de Complementación Humana e iniciar el Tercer Impacto, usando como instrumento al Eva 01. En las profundidades de Nerv, Gendou llega frente a Lilith, acompañado por Rei. Ritsuko aparece frente a él con el propósito de vengarse de Gendou y de Nerv, autodestruyendo el Geo-Front. Sin embargo, cuando esperaba la destrucción, nada sucede. A último momento, una de las Magi se rehúsa a dar su consentimiento. Naoko, presente en las Magi, impide la ejecución de la secuencia de autodestrucción. Gendou levanta un arma y apunta a Ritsuko diciendo "Te amo", a lo que ella responde diciendo "Mentiroso", antes de que Gendou jale del gatillo. Sin nadie enfrente, inicia el proceso para ejecutar el Proyecto de Complementación Humana, a su modo: fusionándose con Rei. Para lograrlo, Gendou tiene implantado en la mano derecha el embrión de Adán, el primer ángel; introduce entonces su mano en el pecho de Rei y trata luego de dirigirse a Lilith. En ese momento Rei escucha el grito de Shinji en el cielo y se rebela con su frase más memorable: "No soy tu muñeca". Rei decide fusionarse con Lilith y, usando a los nueve de Seele y al Eva 01, pretende desencadenar el Tercer Impacto. Entonces cierra de golpe su AT-Field, cercena la mano de Gendou en el proceso y lleva a Adán ante Lilith. Lilith la recibe con un "Bienvenida de vuelta" y se une con Rei. Gracias a esto, se libera de la cruz donde estaba colgada y el rostro de 7 ojos que tenía se desprende de su cabeza, dejando ver el rostro de Re Rei la usara para destruir al ángel de las aves Arael, regresa y se detiene frente al Eva 01. Todos los elementos necesarios para iniciar el Tercer Impacto están reunidos. Los Evas blancos atraviesan al Eva 01 con las réplicas de la Lanza de Longinos y lo elevan. Al mismo tiempo, expanden un anti AT-Field y logran que el huevo de Lilith salga del Geo-Front mediante una gran explosión. Lilith-Rei se eleva y se presenta frente al Eva 01. "Que dé comienzo la ceremonia", ei, luego de lo cual adopta su figura. Gendou, protegiéndose el brazo mutilado, sólo puede observar. La Lanza de Longinos original, en la Luna después quson las palabras de la cabeza de Seele. No puedes llegar al cielo sin pagar los pecados, y Shinji, en todo esto doloroso proceso, va a representar los cinco sentidos del hombre. El Eva 01, junto a la Lanza de Longinos, toma la forma de un árbol. Ahora todo ya está listo para el cambio final. En estos momentos, todo está en manos de Shinji. Para variar, está asustado, pero Rei y Kaworu aparecen para guiarlo y acompañarlo en esta odisea mental. Shinji pasa por una tortura compuesta de restrospecciones e instrospecciones. Todos sus recuerdos aparecen, se unen y fluyen en su mente, rápida y dolorosamente, una y otra vez. Su egoísmo, cobardía y soledad que siempre lo acompañaron, la felicidad que pudo haber alcanzado, la niñez en la que sufrió, su miedo a vivir y a la vida, la realidad de sus relaciones con la gente, y su temor a dar y recibir amor. La reacción de Shinji provoca una aceleración radical del Tercer Impacto. El anti AT-Field generado por los Evas de Seele se expande rápidamente y se prepara el exterminio de la especie humana. Los cuerpos de todos los humanos dejan de ser necesarios y son eliminados para volver al LCL, el agua primigenia en el cual se originaron. Todas las formas de vida humana logran pasar al otro mundo, y al tiempo que lo hacen todos ven la felicidad y sus sueños más caros hechos realidad, ello a través de la imagen de Rei, quien aparece frente a cada uno espiritualmente. Makoto logra por fin expresar su amor a Misato con un beso, Fuyutsuki se encuentra nuevamente frente a Yui y Maya por fin puede tener entre sus brazos a su querida maestra, la doctora Ritsuko. Por la parte de Seele, Lorenz Keel logra el sueño por el cual luchó tanto, trabajó tanto e inició todo, el sueño de por fin abandonar su cuerpo. Pero las cosas no son tan buenas para Gendou. Antes de morir, lo único que logra es ser devorado cruelmente, musitando "Lo siento". Rei se levanta sobre la Tierra y sostiene el huevo de Lilith, hacia el cual se dirigen todas las almas. El árbol del cuerpo del Eva 01 vuelve a Lilith. Shinji, dentro de él, mira el mundo a su alrededor. Rei lo recibe en su nuevo mundo y le explica lo que puede pasar de quedarse o salir, según su deseo. Si se queda adentro en Lilith, no sufrirá más y realizará sus sueños. Si no quiere entrar, puede volver a nacer, pero el sufrimiento podría volver a golpearlo. Todo depende ahora de la decisión de Shinji. Finalmente, tras muchos impactos mentales más, Shinji rechaza a Lilith, ante lo cual Rei, que estaba sobre el planeta, cae manando sangre del cuello y destruyendo apocalípticamente todo el proceso, para dejar finalmente al Eva 01 flotando en el espacio. Al final, y ahora al principio, Shinji aparece en una playa solitaria, junto a Asuka.