Utena Tenjou, vestida de príncipe, se encuentra en un aula de la preparatoria Ohtori. Se acerca a ella Wakawa Shinohara, quien se ofrece a llevarla conocer las instalaciones. En medio del paseo llegan a un patio donde se dan las prácticas del club de esgrima, y allí ve a Juri Arisugawa luchando contra Miki Kaoru. La superioridad de Juri es evidente y le gana el lance con facilidad. Wakawa le cuenta a Utena la admiración que todos sienten por ella y que probablemente será su futura contrincante. En medio de esto, Utena ve a Touga en una ventana cercana y corre tras él. Finalmente lo encuentra y hablan de la razón que lo impulsó a venir a esta preparatoria, el Sello de la Rosa. Touga desaparece y Utena encuentra en medio de un rosal rojo una rosa blanca de la cual surge el anillo del Sello de la Rosa. Al tomarlo, se abren las puertas que llevan a una plataforma elevada y cubierta de rosas. Ahí se encuentra con Anthy. Al ver el Sello de la Rosa y al intentar quitárselo, Anthy queda abrazada de Utena. En ese momento llega Kiouichi Saionji, quien reta a la joven luego de ver que tiene el Sello de la Rosa. Utena no comprende nada sobre la pelea y la Novia de la Rosa, pero acepta el reto. Anthy prepara todo para la pelea y le explica las reglas del duelo. Anthy ve preocupada que Utena no tiene espada, pero ella lo soluciona tomando una caña de bambú. Saijoni no se opone y suenan las campanas que marcan el inicio del duelo. Anthy se interpone pero recibe un brutal golpe de Saijonji. Utena se enoja y comienza la lucha. La joven le reclama el utilizar a una mujer como premio, pero su adversario desoye sus protestas. Destroza el bambú y, ya a punto de ganar, Anthy salta sobre Utena. Diciendo que no hay duelista sin espada, la besa y al caer del suelo le sale del pecho una espada que Utena se apresta a empuñar, y de un solo golpe vence a Saijoni.
En la noche, Utena recibe en su cuarto a Anthy, y por la actitud de ella se da cuenta de que todos los duelistas que ganaron usaron a Anthy como objeto sexual. Al día siguiente, mientras limpiaban la piscina de la escuela, Touga conversa con Utena y Anthy, y allí Utena se da cuenta de que Touga también había ganado los duelos y piensa que eso era lo que lo había traído a esta preparatoria, por lo que se retira disgustada.
En una conversación telefónica de Touga con Saijoni se descubre el motivo por el que pelean por Anthy: la fuerza mágica que posee, pues fue ella la que creó al príncipe a partir de un mosca. En un oscuro pasillo de la escuela conversan Juri y Miki sobre el poder de Anthy; Juri quiere obtenerlo para liberarse de todo lo que la ata. Luego llega Shiori, quien incentiva a Juri a ganar la pelea contra Utena. Esa misma noche, Utena llega a la plataforma y encuentra a Anthy regando las rosas. Utena, enfurecida, le reclama a Anthy por estropear a Touga, con quien pensaba quedarse toda su vida, pero termina durmiéndose entre las rosas. Anthy toma un asadón y rompe una tubería, y así corta la luz y provoca una fuga de agua. Utena se despierta y ve el piso con agua donde se reflejan las estrellas, y en ese ambiente irreal, las dos empiezan a danzar.
Al día siguiente, el profesor de arte pide a los alumnos que se retraten por parejas. Utena y Anthy se van a la torre de observaciones. Mientras Utena dibuja a Anthy le pide que sean amigas, pero para ello es necesario que le abra su corazón. Cambian de lugares y Anthy comienza a dibujar a Utena desnuda. Ella se incomoda, así que Anthy hace lo mismo y le muestra el motivo por el cual todos la desean.
En otro lado, las sombras tienen una primicia en su programa de chismes: el video del escándalo. Al ponerlo, se ve una extraña secuencia con las aventuras de la vaca (Nanami), Chu chu y Keropon, quien termina comiéndose al anterior. Luego ponen el verdadero video donde se ve a Akio, el director de la pre, luciéndose con su auto y su novia; pero no puede usar el auto porque se le perdieron las llaves, así que se va en taxi. Llega donde su hermana y las sombras dicen que se descubrirá el secreto de la Novia de la Rosa.
Comienza la pelea entre Utena y Juri, y al parecer la segunda lleva la ventaja. Pero Utena, transformada en príncipe, logra derrotarla. En ese instante descubren el cuerpo de Akio enterrado bajo las rosas de Anthy. Shiori llega con un video que acusa a Anthy de asesina. En él se ve a Akio luego de tomar a Anthy, perturbado al ser descubierto por ella. Luego, busca desesperado las llaves de su auto, pues si no lo usa éste se oxidará. Ante las preguntas y afirmaciones de Anthy, éste la apuñala para finalmente caer del balcón. Mientras tanto, Utena perseguía a Anthy, quien había huido, y entra en un laberinto de puertas y pasillos. Termina en un ascensor donde se encuentra con Touga. Allí, Utena recuerda que Touga había muerto ahogado hace muchos años luego de salvar a una niña de ahogarse. Reconociendo en él a su príncipe, ambos se despiden. Utena llega a la plataforma y le dice a Anthy que deben salir al mundo exterior. Al decir esto, Utena es atrapada por un gigantesco sistema de lavado de autos donde es transformada en un estilizado bólido rosa. Anthy sube en él y las dos parten rumbo al mundo exterior. En ese instante da inicio la cobertura radial de las sombras, la cual monitorea la carrera que acaba de iniciar Anthy a lo largo de una extensa pista. Pronto son alcanzadas por Shiori, también transformada en auto, quien las choca una y otra vez para provocar su despiste; sin embargo, no tarda en estrellarse ella misma. Acto seguido, millares de autos negros semejantes a los de Shiori salen en su persecución. Al entrar a un túnel, éstos se encaraman por las paredes y el techo y empiezan a caerle encima al auto rosado para provocarle serios daños. Cuando todo parece perdido, una cadena surge desde adelante y las salva de ser aplastadas por un vehículo inmenso mitad auto mitad tanque. Sus salvadores son Juri, Miki y Saionji, quienes le ofrecen su amistad para que salgan adelante y les indican la salida al mundo exterior. Cerca de su destino son interceptadas por un descomunal castillo rodante que les cierra el paso. A la zaga, aparecen de nuevo los autos negros, por lo que Anthy decide meterse por debajo del castillo. Escurridizo como el Halcón Milenario, el auto de Anthy zigzagea por entre las inumerables llantas gigantes, seguido por los autos negros, que uno a uno estallan en espectaculares colisiones. Al salir del coloso, son detenidas por dos inmensas orugas mecánicas que empiezan a triturar el bólido rosa. Al extremo de éstas llega Akio, quien les conmina a regresar, y, ante la negativa de Anthy, presiona aún más las orugas para acabar con ellas. Pero en ese momento, Anthy y Utena invocan al unísono la legendaria fuerza que revoluciona el mundo; hacen añicos la oruga y atraviesan a Akio para finalmente escapar hacia el mundo exterior. Es el mundo donde ellas nacieron; no tiene ningún camino, pero ambas se encargarán de construirlo.