Mientras escalan una montaña en Turquía, unos andinistas despiertan un antiguo poder. Arcam, una organización encargada de mantener el conocimiento de la antigua civilización a través del tiempo, envía a un equipo de investigación, pero son atacados. Entonces, Arcam y otra organización luchan por la información que esconde el Arca de Noé. El agente Yu Ominae es atacado, y parte a Turquía en busca de respuestas (a su amigo lo convirtieron en una bomba). Al llegar a la montaña Yuu, encuentra un fuerte de Arcam, en donde el Doctor Miesel le presenta lo último en trajes de combate. Pronto llega la oportunidad para probar el nuevo equipo, pues el complejo es atacado por un equipo encabezado por FatMan y Little Boy. Yu, agente spriggan, sale a combatir, y se encuentra con un viejo conocido, Fat Man. Little encuentra al spriggan Jean-Jacques Mondo, quien lo vence y captura. Mientras, en los exteriores, Yu mata a FatMan, su antiguo jefe. Yuu es llevado hasta el arca de Noé y cuando se dispone a interrogar a Little Boy, quien parece servir al Pentágono, llega el comandanta Mac Dougall, tambien conocido como el Hombre con el Poder del Demonio, quien tiene apariencia de niño. El Mac Dougall controla el recinto, y se apropia de todos los datos, descubriendo que el Arca controla el clima de la tierra, por lo que decide entrar al Arca con Miesel. En el completo, Jean y Yuu se enfrentan con Little Boy y Jean queda malherido, por lo que Yuu va al Arca. Al llegar, encuentra la puerta abierta y, aunque sabe que se enfrentará a lo desconocido, ingresa. Mac Dougall quiere reclamar el poder del Arca para USA, pues con ella controlaría el clima e incluso el poder las formas de vida. Mas Miesel se niega a trabajar con él en su proyecto de generar un nuevo diluvio, y dar paso a una nueva forma de vida. No obstante, Mac Dougall activa el Arca para empezar con los cambios climáticos cuando se da cuenta que Yuu todavía está vivo, dentro del arca y dispuesto a luchar con él.