Unicron, poderoso transformer que adopta la forma de planeta, ataca un pequeño planeta. Año 2005, mientras que los Decepticons han tomado el control de Cybertron, Optimus Prime, desde una de las dos lunas del planeta, donde se encuentran sendas bases autobot, envía una misión en busca de Energon rumbo a Ciudad Autobot, en la Tierra. Sin embargo, Laserbeak ha ingresado furtivamente, de modo que pronto los Decepticons se enteran de los planes autobots. La misión es atacada por el mismo Megatron, que da cuenta rápidamente de los tripulantes.
Mientras tanto, en el tercer planeta Daniel y Hot Rod suspenden la pesca al ver llegar la nave, mas luego se dan cuenta de que hay Decepticons dentro, así que inician un ataque en contra. En la ciudad, Ultra Magnus ordena prepararse para contener la invasión. El ataque decepticon es fuerte, por lo que Blaster envía un mensaje de auxilio. La noche y el amanecer llegan y, cuando por fin caen las defensas, providencialmente llega una nave con Optimus Prime y los Dinobots a apoyar a los defensores. Optimus comprende entonces que para detener el ataque debe enfrentarse con Megatron. La lucha de ambos líderes se mantiene pareja, hasta que interviene Hot Rod, quien permite que Megatron le de un tiro mortal a Optimus. En el último momento, Optimus logra golpear a Megatron, cuya caía le ocasiona lesiones mortales. Starcream ordena la retirada, y los Autobots pueden atender a su líder.
Conocedor de que su fin se acerca, Optimus le pasa la Matriz del liderazgo a Ultra Magnus, hecho que es seguido con atención por Unicron. En el espacio, los Decepticons lanzan por la borda a los muertos y heridos, incluido Megatron. El grupo a la deriva es encontrado por Unicron, quien a cambio de obediencia absoluta les provee de nuevos cuerpos y personalidades. En Cybertron, Starcream es coronado como líder, pero su celebración es interrumpida por la llegada de Galvatron, quien elimina a Starcream y toma el mando.
Unicron ataca las lunas de Cybertron, con lo que a la vez destruye las bases autobot que ahí se encontraban.
Conscientes del peligro que corre Cybertron, los Autobots parten para allá; sin embargo, Galvatron y sus huestes se han adelantado, por lo que nuevamente los atacan en la Tierra y luego persiguen por el espacio. Los Autobots se dividen en dos grupos. El primero, liderado por Ultra Magnus, llega al planeta Junk; la nave de Hot Rod, Kup y los Dinobots arriva al planeta de los Quintessons. Allí Hot Rod y Kup son capturados y juzgados por crímenes que no conocen, aunque por suerte Wheelie ha guiado a Grimlock y compañía al lugar, así que sus compañeros son rescatados. Por otro lado, Galvatron ha llegado a Junk, donde da cuenta de Ultra Magnus, con lo cual se apodera de la Matriz. El resto de Autobots se enfrenta contra los Junkions, quienes se vuelven sus aliados cuando Kup les hace el saludo universal, luego de que llegara con Hot Rod y los demás al planeta Junk.
Con la Matriz en su poder, Galvatron ha ido ha enfrentar a Unicron, quien en castigo por su insolencia inicia su ataque contra Cybertron y se lo traga. Al llegar los Autobots, encuentran a Unicron atacando a Cybertron, así que empiezan a atacarlo introduciéndose a través de sus ojos. En el interior de Unicron, Daniel salva a Spike y a otros transformers de la muerte, justo cuando estaban a punto de ser fundidos en un caldero. Entretanto, Hot Rod se encuentra con Galvatron y lo enfrenta. Tras un cruenta lucha, la Matriz regresa con los Autobots, Galvatron es lanzado al vacío y aparece un nuevo líder: Rodimus Prime.