Kamui Shirou recibe de su madre una espada, y antes de morir ella le pide que regrese a Tokio pues su destino lo espera. Al regresar, su presencia es notada por los Dragones del Cielo y los Dragones de la Tierra. No obstante, Kamui ha regresado en busca de las personas que ama, sus amigos de la infancia Kotori y Fuma Monou; ésa es la única razón que lo impulsa. Desde lo alto de los rascacielos Kamui observa la ciudad. Cerca de ahí, dos dragones se enfrentan en lo alto de un edificio. Para proteger a todo lo que no tiene que ver en la lucha, el dragon del cielo levanta una barrera dentro de la cual el tiempo transcurre en forma diferente y se evita dañar el edificio. Sin embargo, durante la lucha ambos mueren y la barrera se destruye; todo el daño ocasionado dentro de ella se materializa y el edificio se derrumba. Lejos de allí, Kotori habla con su hermano Fuma y le cuenta que ha soñado con Kamui y luego se dirigen hacia una capilla. Mientras están allí son atacados por una masa de cables gobernada por Satsuki, una Dragón del Cielo creadora de una inmensa computadora que llama "Bestia" y con la cual puede conectarse con cualquier red del mundo. La aparición de Kamui evita que los hieran. En ese momento tiene una visión, y frente a él aparece una mujer llamada Hinoto en una esfera de cristal. Ella le muestra un futuro en el que Tokio y todo el mundo será destruido por los dragones de la tierra. Le dice que tiene el poder de ver el futuro a través de sus sueños, y ése es un futuro posible para Tokio. Le dice además que él es el elegido por los dioses para llevar su poder y que proteja a Tokio y a la humanidad de la destrucción. Cuando Kamui reacciona, nota la presencia de sus amigos y se acerca a Fuma, pero una nueva visión invade a ambos y les muestra una terrible lucha en la Torre de Tokio entre dos personas. Kamui y sus amigos se abrazan felices de volver a verse, pero son interrumpidos por la llegada de dos Dragones de la Tierra, que le piden a Kamui acompañarlos y lo amenazan con llevarlo por la fuerza. Kamui empieza a luchar contra ellos y le pide a Fuma que cuide de Kotori. En ese momento, enviados por Hinoto, llegan los Dragones del Cielo liderados por Sorata Arisugawa. Junto con Sorata están los demás Dragones del Cielo: Arashi Kushi, joven sacerdotisa del templo Ise Shinto, Seiichirou Aoki, padre de familia que trabaja en una revista de manga, Karen Kasumi, mesera de un restaurante y la escolar de 14 años Yuzuriha Nekoi, que siempre está acompañada por Inuki, un espíritu con forma de lobo. Mientras se desarrolla la pelea, Kotori es secuestrada por una extraña sombra que la absorbe en su interior. Al ver esto, Fuma también ingresa a la sombra y ambos desaparecen. Los atacantes huyen y Kamui culpa de la desaparición de sus amigos a Sorata y a los demás a quienes ataca, pero es convencido de ir a ver a Hinoto.
Quien ha raptado a Kotori es Kanoe, hermana menor de Hinoto y adivina también, pues sabe que la mujer que ama Kamui es Kotori. Fuma logra ingresar al sueño de Kanoe y ésta tiene una visión de Fuma y Kamui luchando sobre la torre de Tokio, y se da cuenta de que Fuma es otro Kamui, que tiene el poder de los dioses y, sin importar a qué bando se una Kamui, está destinado a luchar contra él. Le muestra entonces a Fuma un futuro donde la Tierra descansará liberada de los seres humanos que la han estado destruyendo y contaminando. Le explica además que Tokio es el centro de todas las barreras, y por último le muestra una escena en la cual Kamui mata a Kotori. Kanoe aprovecha la confusión del joven y le pide a Fuma destruir todas las barreras.
Kamui es llevado frente a Hinoto, ésta confiesa que quien se ha llevado a Kotori y a Fuma ha sido Kanoe, pues ella ayuda a un Dragón de la Tierra que quiere destruir el mundo. Hinoto le muestra el futuro a Kamui y ve a Kotori atada a una cruz y a una versión distinta de sí que le clava su espada y la mata. Pero Kamui se marcha; no es su intención luchar por salvar Tokio o a la humanidad, sólo le interesa proteger a quienes ama.
En las afueras de la estación del tren, Karen, Seiichirou y Yuzuriha se preparan para atacar a los dragones de tierra que quieren destruirla, pero antes le piden a Yuzuriha que los deje y que informe a Hinoto de la situación. Ésta siente que la quieren dejar al margen, pero obedece. Una vez en la estación del tren, Karen levanta su barrera y se separan. En el primer enfrentamiento muere Karen, pero también el dragón de tierra con el que peleaba. Cuando Karen muere, su barrera cae y la estación del tren se destruye. Yuzuriha vuelve donde Hinoto, y esta vez Sorata, Arashi y Yuzuriha se preparan para pelear. Kamui también regresa y Hinoto se comunica con su hermana, desesperada le ruega que no destruya las barreras. Kamui y los tres dragones que quedan, parten en busca de los dragones del mal. En la cima de un edificio, la pelea entre Seiichirou y el dragón de tierra continúa. Finalmente, Seiichirou lo abraza, se lanza contra el suelo y ambos mueren. Kamui y Yuzuriha se quedan rezagados mientras Sorata y Arashi siguen adelante, y desde lo alto de un edificio ven cómo se levanta la barrera de Yuzuriha. Deciden volver para ayudarla pues no es más que una colegiala. En el camino se cruzan con Fuma quien los enfrenta. Sorata parece tener una ligera ventaja sobre Fuma, pero una vez más los cables gobernados por la computadora Bestia salvan a Fuma. Arashi utiliza su espada para atacar a Fuma, pero él es definitivamente más fuerte. Sorata es herido, y lejos de allí, Kamui y Yuzuriha se han encontrado con un extraño hombre. Kamui se acerca y le pregunta dónde tienen a Kotori, pero el otro da inicio a la pelea y lo lanza lejos. A él se une luego otro dragón de tierra, y entre ambos tratan de vencerlo. Éste, perturbado por otra visión, queda indefenso ante el ataque y Yuzuriha sacrifica su vida para salvarlo. Tras él aparece Fuma, pero Hinoto logra transportar a Kamui de vuelta al escondite de los Dragones del Cielo. Fuma por su parte le exige a Kanoe mostrarle a Kotori, y ésta accede. Una vez en el sueño donde Kotori descansa, Fuma se acerca a ella y ésta huye aterrorizada. Kamui, que está inconsciente, también presencia la persecución en el sueño de Kanoe y es testigo de cómo Fuma extrae de Kotori una espada matándola. Aterrorizado, Kamui abraza a Kotori y llora sobre el cadáver de su amiga. En el escondite de los Dragones de la Tierra, Fuma mata a Yuto y Satsuki ordena a Bestia que protega a Yuto, pero la celosa computadora asesina a Satsuki, pues la considera sólo para ella. Por último, Fuma se transporta con Kanoe a la presencia de Hinoto y frente a ella mata a su hermana. Luego de esto y sobre el techo del edificio, Fuma se enfrenta a Sorata y Arashi; sin embargo es mucho más poderoso que ambos. Sorata, para evitar que hiera a Arashi, la cubre y cae herido, Arashi corre a su lado y le pregunta por qué hizo eso. Él le dice que siempre quiso morir protegiendo a una bella dama. Ella se distrae y Fuma aprovecha esto para matarla, y sobre el cuerpo de Sorata muere Arashi. Kamui y Fuma se transportan a la Torre de Tokio, la última barrera que queda en pie mientras los Dragones de la Tierra resucitados empiezan a destruir la ciudad. Fuma, totalmente fuera de sí, no escucha a su amigo y se abalanza sobre él para matarlo pues afirma es su destino. Con lágrimas en los ojos, Kamui le dice que se equivoca, y que todos escogemos nuestro propio destino. Desenvaina su espada y, con un solo movimiento, corta limpiamente la cabeza de su amigo.